Menurut data dari website Muhammadiyah per tanggal 20 April 2016 bahwa jumlah pondok pesantren yang dimiliki Muhammadiyah sejumlah 67. dalam daftar tersebut Pondok Pesantren dimasukkan sebagai Amal Usaha Muhammadiyah.
dalam acara Rapat Koordinasi Nasional (Rakornas) Ponpes Muhammadiyah seIndonesia di Madrasah Mualimin Yogyakarta, Din Syamsudin berharap ada nilai tambah tersendiri pada pesantren di Muhammadiyah. Khas ponpes Muhammadiyah ini kata Din, harus dikaitkan dengan perkembangan zaman. Karenanya tanpa disebut sebagai pesantren modern sudah bisa memberikan respon terhadap dinamika zaman itu sendiri. “Ini sesuai dengan ciri Muhammadiyah sebagai gerakan pembaharuan. Ini silahkan pengelola pesantren untuk membuat ciri khas sendiri pada pesantrennya,”
Berikut beberapa pondok pesantren yang berkaitan dengan Muhammadiyah.
Provinsi Nanggro Aceh Darussalam
Pondok Pesantren Baitul Arqam, alamat di Sibreh, Aceh Besar, Jalan Banda Aceh Medan, Km 15,5 Tgk H Fakinah, Desa Tampok Blang, Kecamatan Suka Makmur, Aceh Besar
Provinsi Sumatera Utara
Pondok Pesantren Modern Muhammadiyah Kwala Madu Langkat Alamat Jln. Tanjung Pura KM. 32, Simpang PGKM, Desa Sidomulyo, Kec. Binjai, Kab. Langkat, SUMUT 20761 Telp. 061-8823321
Ponpes KH.Ahmad Dahlan Sipirok Alamat Baringin, Sipirok, South Kabupaten Tapanuli, Sumatera Utara 22742
Provinsi Sumatera Barat ibukota di Kota Padang
Pondok Pesantren Muhammadiyah Alamat JL. Kyai Haji Ahmad Dahlan, Ps. Pandan Air Mati, Tj. Harapan, Kota Solok, Sumatera Barat Telpon +62 755 20781
Pondok Pesantren Mualimin Muhammadiyah Alamat Pakan Sinayan Kamang Magek Agam Telp. 0752 444236
Pondok Pesantren Al Kautsar Muhammadiyah Jl. Raya KM. 09 Tanjung Pati, Harau, Kabupaten Lima Puluh Kota, Sumatera Barat 59118 Phone: (0752) 93575
Pondok Pesantren Tahfidzul Qur’an Mu’allimin Pakan Sinayan Alamat : Pakan Sinayan Kamang Mudiak Kec. Kamang Magek Kab, Agam HP : 081267365305/082173125856
Pondok Pesantren Muhammadiyah Alamat JL. Kyai Haji Ahmad Dahlan, Ps. Pandan Air Mati, Tj. Harapan, Kota Solok, Sumatera Barat Telp: +62 755 20781
Pondok Pesantren Maalip Muhammadiyah Alamat Tanang No.1 Sei Jernih Talamau Pasaman Barat
Pondok Pesantren Moderen Muhammadiyah Jl. Nusantara Timur No. 21 Uju Lembah Melintang Pasaman Barat
Provinsi Riau ibukota Pekan Baru
Pondok Pesantren Muhammadiyah Duri Alamat KH Mas Mansur no. 2 Desa Petani Duri 28884 Telpon 0852-9803-9595
Ponpes Modern Darul ‘Ulum Kampar alamat Jl. Lingkar Danau Bingkuang-Bangkinang, Selat Aur Desa Pulau Birandang Kec.Kampar Timur Kab.Kampar – Riau
Pondok Pesantren KH. Ahmad Dahlan Teluk Kuantan, Alamat : Jl. Gatot Soebroto No. 10 Kel.Simpang Tiga – Teluk Kuantan, Kabupaten Kuantan Singingi
pondok pesantren muhammadiyah Alamat : Jln.Abdul Karim, Kel.Simp.Padang Kec.Mandau Duri
Provinsi Jawa Barat
Pondok Pesantren Al-Furqon Muhammadiyah Boarding School (MBS). Jln. Raya Cibiuk Kp. Pulobaru Desa Cibiuk Kaler Kec. Cibiuk Kabupaten Garut. 44193 telp 085223702129
Pondok Pesantren Amanah Muhammadiyah. Jl. Sambong Jaya No.50, Sambongpari, Mangkubumi, Tasikmalaya, Jawa Barat Phone:(0265) 340349
Provinsi Jawa Tengah
Pondok Pesantren Al Mukmin Muhammadiyah. Desa Purwodadi, Jl. KH. Abdul Rohman No. 1, Kec. Tembarak, Kec. Temanggung, Jawa Tengah Phone:(0293) 4903375
Pondok Pesantren Muhammadiyah Klaten. Jl. Sersan Sadikin No.1, Gergunung, Klaten Utara, Kabupaten Klaten, Jawa Tengah Phone:(0272) 325845
Pondok Pesantren Muhammadiyah Kudus. Alamat : KHR Asnawi Lemah Gunung Krandon Kudus Kode Pos : 59314 Telepon : ( 0291 ) 445279 / 445280
Pondok Pesantren Modern Tazakka Bandar Batang Jawa Tengah
Pondok Pesantren Modern Muhammadiyah Imam Syuhodo. Polokarto Sukoharjo Jawa Tengah
Pondok Pesantren Darul Arqom Muhammadiyah Karanganyar. Tegalasri RT. 05 / 06 Bejen Karanganyar
Pondok Pesantren Muhammadiyah Tempuran Tempurejo, Tempuran, Magelang, Jawa Tengah
Pondok Pesantren Islam Modern Terpadu Muhammadiyah “Al-ma’un” Alamat Jl. Sroyo-Jaten, RT.06/RW.10, Sroyo, Jaten, Kabupaten Karanganyar, Jawa Tengah
Phone:(0271) 8204221
Pondok Pesantren Darul Ihsan Muhammadiyah Alamat Pringan, RT. I RW. I, Sragen, Kec. Sragen Phone:(0271) 891779
Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta
Muhammadiyah Boarding School (MBS). Jln Prambanan Piyungan KM 2 Marangan Bokoharjo, Prambanan, Sleman, yogyakarta Telp 081392016484/08112632008
Pondok Pesantren Modern Al Manar Muhammadiyah (MBS Al Manar). Klampok, Brosot, Galur, Kulon Progo, DIY Kode POS 55661 Telp 081226616114
Provinsi Jawa Timur
Pondok Pesantren Muhammadiyah Al-Munawwaroh. JL. Kyai sofyan suyuf 32 Kedungkandang Malang 0341 719222 – 719496
Provinsi Kepulauan Riau yang beribukota di Kota Tanjung Pinang
Provinsi Jambi yang beribukota di Kota Jambi
Provinsi Sumatera Selatan yang beribukota di Kota Palembang
Provinsi Bangka Belitung yang beribukota di Kota Pangkal Pinang
Provinsi Bengkulu yang beribukota di Kota Bengkulu
Provinsi Lampung yang beribukota di Kota Bandar Lampung
Provinsi DKI Jakarta yang beribukota di Kota Jakarta
Provinsi Jawa Barat yang beribukota di Kota Bandung
Provinsi Banten yang beribukota di Kota Serang
Provinsi Jawa Tengah yang beribukota di Kota Semarang
Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta yang beribukota di Kota Yogyakarta
Provinsi Jawa Timur yang beribukota di Kota Surabaya
Provinsi Bali yang beribukota di Kota Denpasar
Provinsi Nusa Tenggara Barat yang beribukota di Kota Mataram
Provinsi Nusa Tenggara Timur yang beribukota di Kota Kupang
Provinsi Kalimantan Barat yang beribukota di Kota Pontianak
Provinsi Kalimantan Tengah yang beribukota di Kota Palangkaraya
Provinsi Kalimantan Selatan yang beribukota di Kota Banjarmasin
Provinsi Kalimantan Timur yang beribukota di Kota Samarinda
Provinsi Kalimantan Utara yang beribukota di Kota Tanjung Selor
Provinsi Sulawesi Utara yang beribukota di Kota Manado
Provinsi Sulawesi Barat yang beribukota di Kota Mamuju
Provinsi Sulawesi Tengah yang beribukota di Kota Palu
Provinsi Sulawesi Tenggara yang beribukota di Kota Kendari
Provinsi Sulawesi Selatan yang beribukota di Kota Makassar
Provinsi Gorontalo yang beribukota di Kota Gorontalo
Provinsi Maluku yang beribukota di Kota Ambon
Provinsi Maluku Utara yang beribukota di Kota Sofifi
Provinsi Papua Barat yang beribukota di Kota Kota Manokwari
Provinsi Papua yang beribukota di Kota Jayapura